Maillezais se trouve sur une île au fond de l’ancien golfe des Pictons. Au début du XI° siècle, le duc d’Aquitaine fait construire une résidence de chasse pour poursuivre le sanglier. Il est obligé de la transformer en château fort en raison des invasions vikings. Au cours du voyage de noces de son fils Guillaume IV d’Aquitaine, un de ses chevaliers en chassant un sanglier, le retrouve blotti dans les ruines d’une chapelle. Il tente de le tuer en brandissant une pierre trouvée au sol sans savoir qu’elle provient de l’ancien autel. Il tombe dans un profond coma et la duchesse accourue sur place ordonne la construction immédiate d’un monastère pour réparer la faute.
Théodelin, prieur devenu Abbé au décès du premier abbé demande au nouveau duc, l’emplacement du château fort pour y bâtir un nouveau monastère. Guillaume V dit le Grand lui accorde et la nouvelle Abbaye soumis à la règle bénédictine devient une des plus importante Abbaye du Poitou sous le vocable de St Pierre et la première nécropole des ducs d’Aquitaine avant St Hilaire de Poitiers.
Au XIV° siècle, le Pape Jean XXII divise l’évêché de Poitiers en trois dont Maillezais sera un des nouveaux sièges. Geoffroy d’Estissac, un de ses plus grands évêques, prit sous sa protection François Rabelais comme secrétaire particulier et précepteur de son neveu. Il agrandit la Cathédrale en particulier le Chœur pour en faire un des joyaux de la Renaissance Bas Poitevine. A peine quelques dizaines d’années après, commencent les guerres de religion et leurs lots de destruction. A peine à 45 km de La Rochelle, capitale du Protestantisme, le site subit jusqu’à 120 assauts de la part des 2 camps pour finir comme forteresse protestante sous le gouvernorat d’Agrippa d’Aubigné pendant 30 ans. L’Abbaye finit par être revendue à la couronne. La fin de l’évêché, programmée dès 1630 par Richelieu, n’est effective qu’en 1648 après 3 siècles et demi d’existence au profit d’un nouveau siège à la Rochelle. Il ne reste alors qu’une poignée de moines sur place pour faire l’aumône aux déshérités de la région.
A la révolution, l’abbaye est confisquée comme Bien National et revendue à un démolisseur qui revend les pierres pour tous les chantiers de la région. Faustin Poët d’Avant, éminent numismate, la rachète en 1830 et fit faire les premières fouilles dont le résultat se trouve actuellement au Musée du donjon à Niort.
A son tour, Edgar Bourloton, écrivain et historien, devient propriétaire en 1872 et se fait construire une maison sur l’emplacement de l’ancien palais des évêques en imitant le palais des Doges de Venise tout en conservant la grosse tour du XV° siècle. Tout le site fortifié est classé Monument Historique en janvier 1924.
Depuis 1996, le département de la Vendée, nouvel acquéreur, lance un important programme d’aménagement et de restauration ainsi que des animations avec en particulier des spectacles proposés aux touristes durant la saison estivale et la Foire de Noël sur 2 week-end en décembre.